A Área de Línguas Indígenas do Brasil oferecia todos os anos as disciplinas de Toponímia (FLC0502- Toponímia Geral e do Brasil I e FLC0503 Toponímia Geral e do Brasil II), com pelo menos uma turma no matutino e duas no noturno. A ementa de ambas as disciplinas, com os respectivos programas, foi fruto de um momento em que a Toponímia, com outras disciplinas optativas, era parte do extinto CMF (Currículo Mínimo Federal). Foram disciplinas ministradas regularmente por anos. Historicamente, refletiam a proposta bastante vinculada à pesquisa da Prof.ª Dr.ª Maria Vicentina de Paula do Amaral Dick. Após 2005, com o ingresso da Prof.ª Dr.ª Patricia Carvalhinhos, o programa foi atualizado.
A disciplina FLC 0502- Toponímia Geral e do Brasil I, oferecida nos primeiros semestres, proporcionava uma reflexão teórica a respeito do nome em geral, partindo do pensamento grego e chegando às atuais teorias onomásticas. Além disso, o Brasil era apresentado por meio de seu sistema de nomes de lugares, enfatizando a cronologia histórica da formação dos estratos linguísticos e onomásticos no país. A toponímia de origem indígena é abordada de modo concomitante aos demais estratos linguísticos, destacando-se, ainda, os conceitos de tronco linguístico, família e língua, bem como a cosmovisão indígena impressa nos nomes de lugares brasileiros. Em termos específicos, a cidade de São Paulo é ponto de discussão no concernente à história de formação de seus logradouros e políticas denominativas, focando-se, do ponto de vista teórico, nos conceitos de toponímia oficial, paralela e espontânea.
A disciplina FLC 0503- Toponímia Geral e do Brasil II, oferecida nos segundos semestres, era independente da outra disciplina e podia ser cursada sem prejuízo de conteúdo. O programa partia de um apanhado geral da teoria dos nomes e seus princípios básicos para depois abordar a toponímia brasileira por um outro prisma: formação de nomes de lugares por meio dos ciclos históricos e econômicos, além das relações entre regiões culturais e regiões toponímicas. A toponímia urbana era abordada diacronicamente e de modo contrastivo, viajando-se pela formação de nomes em São Paulo e Rio de Janeiro. A Antroponímia, ou o estudo dos nomes de pessoas, era foco de estudos detalhados na disciplina.